Москва, понимая серьезность угрозы для северских городов, предпринимала меры для более успешной их защиты от возможных набегов. В частности, в крупнейшие из городов, в том числе, в Стародуб и Почеп, были направлены воеводы с полками, что, в конечном итоге, позволило сдержать все набеги крымских татар, которым так и не удалось отвоевать Северщину для Речи Посполитой. Также, в юго-западных городах Московского княжества с целью создания прочной военно-административной власти появились наместники.
Проблема крымскотатарских набегов была весьма серьезной и требовала эффективного решения. Очевидно, понимая, что лучшая защита – это нападение, русское правительство начало постепенно переходить от политики сдерживания крымских набегов к предупредительным наступательным действиям. Так, начиная со второй половины 16 века, русские рати начали появляться на Днепре, под Очаковым и на нижнем Дону. В частности, в походе московского войска 1555 года «под крымские улусы» участвовали северские города во главе с почепским наместником Игнатием Борисовичем Блудово. Это были самые первые, робкие попытки Московского государства диктовать крымскому хану свои правила игры. Спустя более чем 200 лет Россия ликвидирует государство крымских татар и завладеет Крымом – истинной жемчужиной Северного Причерноморья.
Помимо этого, во второй половине 16 века у окраинных городов Московской Руси была введена так называемая постоянная сторожевая служба, задачей которой было заблаговременное выслеживание татар и предупреждение об их приближении к городам. Сторожевые пункты создавались впереди самых окраинных городов, примерно в 4-5 днях пути от них. Служба сторожей считалась опасной, поэтому они получали большее жалование, нежели другие служилые люди. В нашем регионе в сторожевой службе принимали участие дети боярские из Стародуба, Почепа и Новгорода-Северского. По большому счету, именно русские сторожевые разъезды 16 века можно считать прародителями современных пограничных войск России.
В 1558 году началась долгая Ливонская война, в которой Россия боролась против Ливонского ордена, Швеции, Польши и Великого княжества Литовского (с 1569 - Речи Посполитой) за выход к Балтийскому морю. Перед Стародубской крепостью в этой кампании ставилась задача прикрытия южного фланга русских войск. Для укрепления обороноспособности города из Москвы сюда были присланы четыре воеводы - С. Оксаков, Г. Злобин, И. Ординцов и Д. Плещеев. Стародубский крепостной гарнизон усилили стрельцами и детьми боярскими из Брянска.
Одним из ключевых событий второго этапа Ливонской войны стала битва за Полоцк в 1563 году. Этот литовский город со стратегической точки зрения представлялся крайне важной целью, так как его взятие открывало прямой путь в Прибалтику. В результате штурма крепости, в котором принимали участие и стародубцы, русское войско сумело-таки взять Полоцк.
На полоцком эпизоде Ливонской войны мы остановились неспроста. Дело в том, что история с взятием Полоцка имела крайне печальные последствия для тогдашнего воеводы Стародуба Ивана Шишкина-Ольгова и городского наместника Василия Семеновича Фуникова. О первом известно, что он был выходцем из рода костромских вотчинников Ольговых и приходился родственником Адашевым. Про городского наместника Фуникова мы знаем, что он происходил из знатного рода князей Фуниковых, прибыл в Стародуб в 1561-1562 годах, а до этого, в середине 50-х годов был воеводой в Чебоксарах. Родовые имения Фуниковых располагались близ Москвы. В частности, у Василия Фуникова во владении имелось село Фуниково (современное Фуньково Одинцовского района Московской области).
Во время битвы за Полоцк один из плененных защитников города по фамилии Сазонов поведал, что литовцы вынашивают планы по захвату Стародуба и упомянутый выше воевода Шишкин вместе с князем Василием Фуниковым, якобы, находятся в сговоре с литовцами и пообещали сдать тем город без сопротивления. Узнавший об этом бывший сподвижник Адашева боярин М.Я. Морозов не преминул тут же сообщить важную новость царю.
Сложно сказать, насколько озвученные сведения соответствовали действительности. Однако, Иван Грозный был известен крайней нетерпимостью к любой антигосударственной крамоле и нелояльности со стороны своих подданных. В те жестокие времена одних лишь слухов об измене могло с лихвой хватить для того, чтобы головы чиновников мигом очутились на плахе. Поэтому судьба стародубцев, обвиненных в предательстве, была практически предрешена. Для расправы с подозреваемыми в измене, Иван Грозный направил из Брянска специальный карательный отряд. Наместник Фуников и воевода Шишкин-Ольгов были арестованы и перевезены в Москву. Все их имущество было опечатано.
В итоге, воевода Шишкин был казнен вместе с женой и дочерьми. Обвинения в измене коснулись и родственников Шишкина по линии Адашевых. На плаху был отправлен его брат, окольничий Даниил Федорович Адашев (?-около 1563) и двенадцатилетний племянник (сын Д.Ф. Адашева). Также был казнен тесть Шишкина Петр Туров. Многие более дальние его родственники также подверглись гонениям и репрессиям.
Городскому наместнику Фуникову повезло больше – его помиловали, хотя показания пленного литовца более всего компрометировали именно его, а не Шишкина. Печальная участь, постигшая Шишкина, вероятно, объясняется тем, что последний приходился родственником опальным Адашевым, которые уже тогда были в большой немилости у царя.
По мнению ряда историков, именно «стародубское дело» стало провозвестником будущего массового опричного террора. По крайней мере, до этого подобных массовых казней царь не устраивал.
В 1562 году Стародуб подвергся нападению литовского отряда численностью около 1000 человек, руководимого Филоном Семеновичем Кмитой (1530-1587). Последний был выходцем из шляхетского рода Кмитов Киевского воеводства. Всю свою жизнь служил польской короне. В момент нападения на Стародуб Кмита занимал должность старосты города Остер. С 1566 года Кмита был назначен Оршанским старостой. Должность старосты в Речи Посполитой была аналогом московским воеводам. За военные заслуги Сигизмунд II Август (1520-1572) пожаловал Кмите в вечное пользование Чернобыльские земли под Киевом. В связи с этим Кмита в исторических источниках фигурирует также под фамилией Кмита-Чернобыльский. В 60-80-е годы 16 века Филон Кмита был одной из ключевых политических фигур на восточных рубежах Великого княжества Литовского. Известен как организатор крупной шпионско-разведывательной сети, действовавшей в пределах Московского государства.
1563 год был также отмечен для наших предков набегами с юга войск князя Михайлы Вишневецкого - представителя наиболее влиятельного княжеского рода в Левобережной Украине. Напомним, что вся Украина в то время находилась под властью Речи Посполитой и украинские казаки находились на службе у короля. В 1563 году отряды Вишневецкого, составленные из запорожских казаков и татар, опустошили многие деревни и села на Стародубщине, выжгли посады Радогоща, однако, Стародуб взять не смогли.
Спустя два года рейд в направлении Стародуба совершили польско-литовские отряды общей численностью около 1500 человек, руководимые Киевским князем Константином Острожским и уже известным нам Филоном Кмитой. Во время этого нападения летом 1565 года был взят штурмом и разорен Почеп, разграблены села в окрестностях Стародуба, но сам город выстоял и на этот раз.
Набеги Вишневецкого и Кмиты заставили московские власти принять дополнительные меры к укреплению стародубского гарнизона.
Спустя два года Иван Грозный с целью усиления самодержавной власти вводит так называемую опричнину, которая, по-сути представляла собой административную реформу, резко ослабившую роль Боярской Думы в государстве и усилившую личную власть Ивана IV. С введением опричнины многие города России были переподчинены лично царю, в стране было учреждено преданное Ивану IV опричное войско и опричные финансовые и административные органы, которые содержались на доходы, поступавшие в казну с опричных земель. Значительная часть русского дворянства была переведена в категорию «особо приближенных к телу». Опричная знать пользовалась существенными привилегиями и за это была лично предана монарху. Не вошедшие в опричнину территории именовались земщиной и формально управлялись Боярской Думой. По сути своей, введя опричнину, Иван Грозный создал в стране параллельную систему органов военной и административной власти, чем вызвал резкое недовольство части духовенства и дворянства. Недовольство это подавлялось жесткими репрессиями.
Стародубщина не была включена в опричнину, но в год ее введения (1565) Иван Грозный приказал заменить в Стародубе и некоторых других городах воевод. Новым воеводой в Стародубе вместо С. Аксакова был назначен Н.К. Замыцкий, который должен был охранять саму крепость, а за городом, «для вылазки» должен был находиться воевода В.В. Коробов. То есть, мы видим, что в этот период в Стародубе существовало два укрепления: сама городская крепость и укрепление за городом, «для вылазки».
Период опричнины был отмечен притоком в Северскую землю горожан и крестьян из разных регионов Московии.
В 1573 году наместником в Стародубе был Михаил Васильевич Тюфякин - сын В.Б. Оболенского-Тюфяки. Помимо стародубского наместничества, о его государственной службе известно следующее: в 1564 году был приставом у татарского царевича Ибака в передовом полку в Ржеве, в 1570 году - воеводой в Карачеве, в 1572 году - наместником в Новгороде-Северском. В 1574-1578 годах ходил воеводой к различным ливонским городам.
Последняя четверть 16 века была отмечена для Стародубщины несколькими разорительными набегами со стороны соседей.
Так, в 1574 году Стародуб был сожжен казацким войском под руководством атаманов Франциска Суки и Микиты Бирули.
В 1579 году ужас в окрестностях Стародуба навели запорожские казаки под руководством атаманов Матвея Самоватого и Миколы Козака.
В 1580 году украинские казаки под началом реестрового гетмана Ивана Оришевского очередной раз разграбили Стародуб, напали на Почеп и вернулись в Украину с богатыми трофеями.
В 1581 году Северскую землю очередной раз «навестил» Михайло Вишневецкий, который дошел до Трубчевска, разрушил город и повернул свое войско назад. Однако, на обратном пути воеводы северских городов преградили Вишневецкому путь у реки Судости и вступили с ним в бой. В этом сражении участвовали и воеводы из Стародуба Михаил Мезецкий и Яков Прончишев. Подробности этого сражения неизвестны, но результат для северских воевод, видимо, был не слишком впечатляющим, т.к. известно, что войско Вишневецкого благополучно вернулось из этого похода домой.
Всего за время войны Батория с Москвой (1579-1581 годы) Михайло Вишневецкий и другие украинские вельможи предприняли множество набегов на Стародубский край. И хотя целью этих походов провозглашалось отвоевание у Московского государства Северской земли, реально данная задача в ходе набегов выполнена быть не могла. Казацкие отряды, состоявшие из конников и пеших воинов, предположительно, насчитывали не более двух тысяч человек, поэтому задача закрепиться в Стародубщине надолго перед ними не ставилась – казаки ограничивались кратковременными набегами, после чего отступали.
Период казацких набегов на Стародубщину завершился в 1582 году, когда Московия и Речь Посполитая заключили двадцатилетнее Ям-Запольское перемирие, завершившее долгую Ливонскую войну.
В 1583 году Иван Грозный официально признал за Киево-Печерским монастырем право на сбор дани в Новгороде-Северском и Стародубе. На протяжении многих веков Киево-Печерский монастырь был крупнейшим религиозным и культурным центром Руси. Влияние и авторитет киево-печерских монахов в православном мире были настолько велики, что даже после того, как Северщина перешла под власть Москвы, а Киев остался в польско-литовском владении, лаврские монахи продолжали беспрепятственно собирать традиционную церковную дань в наших землях.